Xenium 技术通过对切片的原位核酸探针杂交，加上依赖 mRNA 的 DNA 连接反应，把 DNA 探针吸附到切片上目标 mRNA 所在的位置。通过对探针的滚环复制，增加可杂交的位点。再通过多轮的多色荧光标记寡核苷酸对样本进行杂交，用显微荧光扫描仪记录下每一轮的空间荧光信号。通过多轮的空间荧光信号的颜色信息，检测出目标 mRNA 在空间上的分布。